Maßregelvollzugskliniken richten ihre Behandlungsschwerpunkte im Wesentlichen nach drei Erkrankungsgruppen (Diagnosegruppen) aus. Sie unterscheiden: psychisch kranke, intelligenzgeminderte und suchtkranke Straftäter.

Für psychisch kranke Patienten, die ebenso wie die intelligenzgeminderten Straftäter nach Paragraf 63 Strafgesetzbuch untergebracht sind, erfolgt eine fachliche Aufgliederung für die Behandlung von Psychosen und von Persönlichkeitsstörungen. Die meisten Patienten weisen in unterschiedlichen Ausprägungen eines dieser beiden Krankheitsbilder auf.